El motor de base de datos MySql posee dos mecanismos de almacenamiento MyISAM e InnoDB (es el mas nuevo).
Ambos mecanismos son muy usados y cada uno tiene sus ventajas y desventajas, quizás en otro articulo podremos profundizar en el tema.
Si estas usando PhpMyAdmin, puedes hacer el cambio de MyISAM a Inno DB de una forma muy sencilla, solo ve a la pestaña ‘SQL’ y escribe la siguiente instrucción:
ALTER TABLE nombre_tabla ENGINE=INNODB;
No hay un comando que pueda cambiar todas las tablas juntas, por ello hay que hacerlo una por una.